Le origini di una canonica extraurbana presso l'antica chiesa di San Salvatore risalirebbero all'inizio del XII secolo. Secondo la tradizione locale l'ente fu diviso nel 1389, con il passaggio delle canonichesse alla chiesa dei Santi Simone e Guida. All'inizio del '500 i canonici dovettero abbandonare la loro sede, distrutta per finalità militari e nel 1523, in seguito alla rinuncia del commendatario Tommaso Caprioli, Clemente VII affidò loro l'antica canonica di Sant'Afra (già San Faustino ad Sanguinem), che da quel momento passò al titolo di San Salvatore in Sant'Afra. La canonica ricevette inoltre prestigio dalla fondazione, nel 1535, della compagnia di Sant'Orsola ad opera di Sant'Angela Merici. Nel 1768 i canonici furono soppressi e nel 1771 il monastero fu venduto. Nel 1842 vi si installarono le figlie del Sacro Cuore. Nel 1945 la chiesa di Sant'Afra fu distrutta durante un bombardamento e ricostruita nelle sue forme rinascimentali nel 1957.
Bibliografia: BONINI VALETTI, La Chiesa dalle origini, 45 = BONINI VALETTI, I., La Chiesa dalle origini agli inizi del dominio veneziano: istituzioni e strutture, in Storia religiosa della Lombardia. Diocesi di Brescia, a cura di A. Caprioli, A. Rimoldi, L. Vaccaro, Brescia, La Scuola, 1992, pp. 17-63; I chiostri, 67-68 = I chiostri di Brescia. Storia, arte e architettura nei monasteri della città, a c. di V. Terraroli, C. Zani, A. Corna Pellegrini, Brescia, Grafo, 1989; SPINELLI, Ordini e congregazioni, 300, 301, 313, 314, 316, 329, 331 = SPINELLI, G., Ordini e congregazioni religiose, in Storia religiosa della Lombardia. Diocesi di Brescia, a cura di A. Caprioli, A. Rimoldi, L. Vaccaro, Brescia, La Scuola, 1992, pp. 291-355; VIOLANTE, La Chiesa bresciana, 1069-1070 = VIOLANTE, C., La Chiesa bresciana nel medioevo, in Storia di Brescia, vol. I: Dalle origini alla caduta della signoria viscontea (1426), Brescia, Treccani, 1963, pp. 1101-1123