La delegazione apostolica di Perugia fu istituita nel 1816 da Pio VII, con il motu proprio "Quando per ammirabile disposizione", in cui si prevedeva un'articolazione dei territori dello Stato Pontificio in 17 delegazioni (Bologna, Ferrara, Forlì, Ravenna, Urbino e Pesaro, Macerata, Ancona, Fermo, Ascoli, Camerino, Perugia, Spoleto, Rieti, Frosinone, Benevento, Viterbo, Civitavecchia, alle quali si aggiungeva la Comarca di Roma), divise in tre classi, che prendevano il nome di Legazioni se vi era preposto un cardinale (il Legato). La delegazione di Perugia, di seconda classe, confinava a Nord con la Delegazione di Urbino e Pesaro, a Est con le Delegazioni di Macerata e Camerino, a Sud con le Delegazioni di Orvieto, Spoleto e Viterbo, a Ovest con il Granducato di Toscana.
In base a tale normativa anche i governi locali furono suddivisi in due categorie: di primo ordine (le città maggiori) e di secondo ordine, sottoposti all'autorità di un Governatore, a sua volta subordinato alla potestà dei delegati. I Governatori non dovevano essere originari del luogo da loro amministrato, né dovevano risiedervi; erano nominati dal Papa attraverso la segreteria di Stato, i Governatori "di primo" con un Breve, quelli "di secondo" con una semplice lettera patente. A differenza dei Delegati, non dovevano necessariamente essere prelati; esercitavano potere giudiziario per cause i cui interessi non oltrepassavano i cento scudi e su controversie riguardanti proprietà, alimenti dovuti, danni subiti nei rispettivi territori e retribuzioni ai salariati considerate ingiuste. Avevano, poi, compiti di polizia durante le fiere e le feste.
Vennero, inoltre, istituiti due nuovi organi per l'amministrazione dei comuni: il Consiglio e la Magistratura. Il Consiglio curava gli affari di interesse generale, mentre la Magistratura era formata da un capo (il Gonfaloniere) e da un numero variabile di anziani (6 nei Comuni maggiori). Il Gonfaloniere era nominato dal Segretario di Stato, gli anziani dal delegato, in base a una terna di nomi fornita dal Consiglio stesso.
Il successore immediato di papa Pio VII, Leone XII, ordinò una profonda riforma del sistema delle delegazioni con il motu proprio del 5 ottobre 1825, riducendone il numero a 13 mediante l'accorpamento di Fermo e Ascoli, Macerata e Camerino, Spoleto e Rieti, Viterbo e Civitavecchia. Il nuovo assetto sopravvisse al pontefice, ma, sei anni dopo la sua attuazione, Gregorio XVI ripristinò le delegazioni soppresse, istituendo, in più, la nuova delegazione di Orvieto (per distacco da Viterbo) con l'editto del 5 luglio 1831. La riforma gregoriana fu completata dall'istituzione della delegazione di Velletri (per distacco da Frosinone) con il motu proprio "Luminose prove" del 1 febbraio 1832.
Il 22 novembre 1850 Pio IX, rientrando da Gaeta dopo la parentesi della Repubblica Romana, promulgò un editto sul governo delle province e sull'amministrazione provinciale, modificando nuovamente l'assetto territoriale dello stato della Chiesa. Il pontefice raggruppò le delegazioni originarie in quattro grandi legazioni (quella delle Romagne, delle Marche, dell'Umbria e della Marittima e Campagna), fatta eccezione per la Comarca e il Patrimonio, che confluirono nel Circondario di Roma. Ciascuna legazione fu affidata al governo di un cardinale. Alla dipendenza delle legazioni si posero le delegazioni, o province, in numero di sedici e senza distinzioni di classi, a loro volta ripartite in governi. La legazione umbra comprendeva tre delegazioni: Perugia, suddivisa nei governi di Perugia, Castiglion del Lago, Città della Pieve, Assisi, Magione, Città di Castello, Fratta, Foligno, Gualdo Tadino, Nocera, Spello, Todi; Spoleto, con i governi di Spoleto, Amelia, Bevagna, Cascia, Montefalco, Narni, Norcia, Terni, Trevi, Visso; Rieti, divisa nei governi di Rieti, Canemorto, Fara, Magliano, Poggio Mirteto e Rocca Sinibalda.
Con la caduta del potere pontificio nel 1860, il governo delle province di Perugia, Spoleto, Rieti e Orvieto venne affidato, con regio decreto del 12 settembre1860, al regio commissario straordinario per le province dell'Umbria Gioacchino Napoleone Pepoli.
