IL'archivio è una sezione della Biblioteca della Pontificia Facoltà Teologica dell'Italia Meridionale. I fondi dell'archivio sono giunti unitamente ai fondi librari della Biblioteca. I fondi della Biblioteca della sezione "S. Tommaso d'Aquino" provengono dalla Biblioteca del Seminario di Napoli. Provenienti da precedenti donazioni (Fondi Pignatelli, Spinelli, Carafa, Galante, Mallardo) si cominciò a raccoglierli nella seconda metà del secolo XVII per opera del Rettore Giovanni Crispino, il quale con istruzione del 1687 donò al Seminario tutti i suoi libri. Il 10 novembre 1691, papa Innocenzo XII accompagnò la donazione della sua biblioteca prima con una Bolla di scomunica per chiunque avesse "imprestato, estratto o asportato libro, codici, volumi, quinterni e fogli".
Il patrimonio librario si accrebbe notevolmente nei primi decenni del XVIII secolo per l'interesse del Rettore Mario Macello, dei professori Carlo Scatola, G. Martorelli, A.S. Mazzocchi e per i lasciti dei Cardinali Giuseppe Spinelli e Sisto Riario Sforza.
Di grande vantaggio fu l'attività della scuola di Sanseverino ( 1840-1888) e della scuola storico-archeologica napoletana, specialmente per le donazioni di G.A. Galante e D. Mallardo.
Costituitasi la Pontificia Facoltà Teologica dell'Italia Meridionale nel 1969 con la confluenza delle preesistenti Facoltà Teologica Napoletana, erede della Facultas Theologiae presente nell'Università Fridericiana dal suo nascere (1224), e della Facoltà Teologica San Luigi, affidata alla Compagnia di Gesù. Alle due Sezioni costituenti, complete ciascuna dei tre cicli accademici previsti per il conseguimento del Baccalaureato, della Licenza e del Dottorato, si sono aggregati l'Istituto Teologico Calabro di Catanzaro e l'Istituto Teologico Pugliese di Molfetta, che conferiscono i primi due gradi accademici, e l'Istituto Teologico di Basilicata di Potenza, che conferisce il primo grado accademico, e si sono collegati numerosi Istituti che conferiscono il grado accademico di Magistero in Scienze Religiose o il Diploma in Scienze Religiose.
Nel 1973 fu completata la nuova sede in viale Colli Aminei 2 e nel mese di agosto tutta la Facoltà, compresa la Biblioteca vi si trasferì.
Il patrimonio librario attualmente comprende oltre 130.000 volumi a stampa, tra i quali 11 incunaboli e numerose cinquecentine di notevole valore; oltre 600 opere manoscritte dal XVI al XX secolo, un pregevole codice virgiliano del XIII secolo, 23 pergamene, circa 1.000 periodici di cui 459 in corso, un ricco fondo musicale comprendente tra l'altro la Salve Regina ed il Miserere in dialetto napoletano di Luigi Antonio Capotorti.
Ultimamente la già ricca collezione si è ampliata con l'acquisizione del fondo di grafica contemporanea "Isabella Meoni Ferrara" comprendente opere di Marini, Manzù, Boccioni, Notte, de Chirico, Fontana, Burri, Guttuso e tanti altri.
