Presso il comune si conserva l'archivio storico costituito dai fondi: Comune poi comunità di Vicopisano; Cancelleria di Vicopisano; Mairie di Vicopisano; Comunità restaurata di Vicopisano; Vicariato di Vicopisano; Pretura; Delegazione di Governo; Ingegnere di circondario. Si conservano inoltre gli atti prodotti dai comuni di San Giovanni alla Vena, Montemagno, Uliveto e Caprona, Lugnano e Noce, Cucigliana, Buti e la documentazione dell'Opera di San Giovanni, dell'Opera di Buti, dell'Opera Pia "Eredità Gattai", controllati dalla cancelleria che qui aveva sede. Viene inoltre conservato l'archivio del Comune postunitario e i seguenti archivi aggregati: Congregazione di Carità poi Ente Comunale di Assistenza, Opera pia Barbieri, Opera Nazionale Maternità e Infanzia; Patronato Scolastico (pervenuti a seguito dello scioglimento degli enti in questione), le carte della Commissione mandamentale per l'accertamento delle imposte dirette, del Comitato per le riparazioni edilizie, del Consorzio dei fossi delle botraie di Bientina, dei Consorzi fra proprietari frontisti (pervenuti a titolo di deposito volontario). Un primo riordino dell'archivio viene effettuato nel 1932 da don Arrigo Lisoni, successivamente, negli anni '60, una parte della sezione separata venne riordinata da Ottavio Banti, che, affiancato da Maurizio Carnasciali, completò nel 1992 il riordino dell'intero archivio preunitario, redigendone l'inventario (1994).
