La storia dell'archivio segue e rispecchia le vicende della Provincia di Roma, una delle prime province francescane sia per antichità, per il numero dei Conventi, benché poveri, ed anche per lo splendore dei suoi figli, lungo il corso dei secoli. E¿ stata sempre considerata e chiamata, fin dagli inizi, sorella della Provincia dell'Umbria.
Gli insediamenti originari della Provincia risalgono al primo viaggio di S.Francesco a Roma (1209) per la visita al Sommo Pontefice Innocenzo III, per la presentazione della prima Regola, ma, in concreto, come entità giuridica autonoma, la Provincia si è costituita intorno agli anni 1222 e 1223.
La Provincia - prima della separazione dei Padri dell'Osservanza - era divisa in sette Custodie, conforme alla divisione fatta dal Ministro Generale S. Bonaventura, registrata dallo stesso Pisano, ed erano: la Romana, la Viterbiense, l'Urbevetana, la Reatina, la Tiburtina, la Marittima e la Campana. Questa divisione oggi si ritrova nei fondi conservati nell'archivio.
Dopo Leone X, si estinse la Tiburtina ed conventi di essa furono applicati alla Custodia Reatina. Ma i Conventi di Roma, cioè dell¿Aracoeli, di S. Francesco in Trastevere, di S. Silvestro a Monte Cavallo; di Monte Compatri, di Campagnano, di Tivoli, di Subiaco, di Civitella, di Valmontone ed altri furono trasferiti all¿Osservanza.
Dopo le soppressioni seguite all'Unità la Provincia si è andata riorganizzando sulla base di cinque custodie (Romana, Viterbese, Orvietana, Campagna e Marittima). Dopo la prima guerra mondiale le Custodie furono ridotte a tre: Romana, S. Binaventura, Campana. Dopo la seconda guerra mondiale i conventi rimasti erano ventisei e gli archivi di quelli non più esistenti cominciarono ad essere raccolti nell'Archivio unico della Provincia Romana.