I gravi incendi che l¿archivio patisce negli anni 1190, 1343 , 1528, quindi i terremoti del 1348 e del 1448, nonché il crollo del 29 gennaio 1502, privano la raccolta di molti documenti anteriori a quelle date.
Nel 1837 Michele della Torre e Valsassina, canonico archivista del Capitolo di Cividale, compila 24 volumi di regesti di documenti soprattutto pergamenacei. Detti volumi sono ora conservati presso la Soprintendenza ai Beni Storico Artistici ed Etnografici di Udine con sede nel Museo Archeologico Nazionale di Cividale.
Con l¿unità d¿Italia, parte dell¿archivio viene trasferito al Demanio: circa 3.000 pergamene capitolari, verbali delle sedute collegiali dal XIV al XVIII secolo, documenti amministrativi della Canipa, processi e unità sparse di molte altre serie, spezzando fisicamente la continuità delle serie e privando entrambi gli archivi di alcuni strumenti di consultazione indispensabili.
Il 26 ottobre 1896 il decano mons. Natale Mattiussi ottiene dal Ministero di Grazia e Giustizia, in accordo con quello della Pubblica istruzione, la restituzione delle ¿carte di musica di autori di modesta fama previo assenso del Municipio che su tali carte vanta alcuni diritti [¿] la consegna dei documenti contenuti nei cartolari relativi alle parrocchie dipendenti o figliali, che, all¿epoca del trasporto dell¿Archivio e della Biblioteca del soppresso Capitolo di Cividale nel Museo archeologico, furono lasciati nei vecchi locali dell¿Archivio stesso e ancora vi si trovano e di qualche altro incartamento che non abbia un¿assoluta importanza storica¿ .
Il 15 settembre 1966, il 4 luglio 1967, il 27 agosto 1968 la Giunta regionale del Friuli Venezia Giulia delibera lo stanziamento di contributi, ex L. 23/1965, per attrezzature, schedatura, conservazione, valorizzazione e incremento del patrimonio bibliografico storico ed archeologico raccolto nel suddetto archivio presso la parrocchia . Il 27 novembre 1969 rinnova il contributo con decreto 273/Istr. ex L. 11/1969. Di quell¿intervento rimangono in archivio probabilmente alcune etichette provvisorie a pennarello rosso.
Il terremoto del 1976 danneggia gravemente solaio e copertura dei piani sopra la sacrestia dove è conservato l¿archivio, essi vengono parzialmente riparati; nel 2003 vengono portati a termine i lavori di ristrutturazione dell¿intera ala.
L¿attuale consistenza è di 250 metri lineari, comprensivi degli archivi aggregati delle parrocchie urbane soppresse.
