Le origini dell'Accademia risalgono alle prime organizzazioni corporative dei mestieri della città; la Compagnia di San Luca o dei pittori nata nel 1339 è da considerarsi infatti il primo nucleo dal quale nel 1562, sotto la protezione di Cosimo I dei Medici, si sviluppò la vasariana Accademia delle arti del disegno, universalmente riconosciuta come una delle prime istituzioni europee che poneva fra i suoi compiti, accanto a quello di confraternita di eminenti artisti ai quali era demandato il governo e la tutela del patrimonio culturale della Toscana, anche quello dell'insegnamento delle arti e delle scienze, segnando così l'inizio del moderno concetto di Accademia.
A capo dell'Accademia furono per votazione unanime solennemente designati Cosimo I e da Michelangelo. Fra i suoi membri si ricordano personaggi quali Vasari, Bronzino, Ammannati, Sansovino, Giambologna, Cellini.
La grande modernizzazione europea di questa Istituzione fiorentina fu voluta dal granduca di Toscana Pietro Leopoldo I di Lorena il quale nel 1784 riorganizzò l'Accademia, neoclassicamente ribattezzata Accademia delle belle arti, dandole il carattere di istituto di istruzione artistica pubblico e gratuito. Coniugando anche la volontà di favorire la nascita di "eccellenti artisti" con la finalità di agevolare la rivalutazione delle manifatture artistiche toscane.
Si definirono così le materie di insegnamento (pittura, scultura, architettura, "Grottesco" termine ben presto cambiato in ornato, Iitagl...