Nel 1992 muore padre Ernesto Balducci (1922-1992), sacerdote della congregazione degli Scolopi, ma anche teologo, studioso e pubblicista. Nello stesso anno si forma un 'Comitato' con lo scopo di promuovere la creazione di una fondazione intitolata a Balducci. Detta fondazione doveva, da un lato, occuparsi della gestione della biblioteca privata e dell'archivio e, dall'altro, dare continuità alle attività di promozione di valori religiosi e umani del teologo scolopio. Infatti, il 25 febbraio 1995, viene costituita la Fondazione Ernesto Balducci con sede, ospiti dei Padri Scolopi, in alcuni locali della Badia di San Domenico di Fiesole dove Balducci aveva trascorso tanti anni della sua vita. Nell'anno successivo, il 1996, con un Decreto della Regione Toscana alla Fondazione viene riconosciuta la personalità giuridica; nel 2004 diventa Onlus.
La Fondazione, secondo lo statuto vigente, ha come scopo di proseguire l'impegno pedagogico, civile e religioso di Ernesto Balducci; promuovere iniziative politiche che sviluppino la cultura della pace; contribuire a una cultura della trasformazione; favorire esperienze culturali e svolgere attività scientifiche.
Per venire incontro all'impegno statutario, la Fondazione si dedica alla tutela e valorizzazione dell'archivio di Balducci. Esso si compone di carteggi, diari, carte private, schemi, appunti, raccolte di omelie e ritagli di giornali. Il materiale è stato riordinato e descritto in una guida (Percorsi d'archivio. L'Archivio di...