La gestione dell'archivio generale dell'Università di Pisa dipende attualmente dal Dipartimento VI - Sistema bibliotecario, archivistico e museale, Lungarno Pacinotti, 44.
Il materiale documentario riconducibile all'archivio storico e all'archivio di deposito è conservato in un edificio Montacchiello (di mq. 4.587 con una capacità di scaffalature di 28.200 metri lineari) nuova sede dell'archivio generale dell' Ateneo, dotata anche di uffici e di una sala di studio, accessibile su richiesta con l'ausilio di personale qualificato.
L'Università di Pisa, oltre al proprio archivio, possiede anche il fondo aggregato di Antonino Spitali e numerosi archivi di personalità della cultura: Riccardo Felici, Cosimo Lombardo, Teodoro Caruel, Sigismondo Bosniacki, Mario Canavari, Giuseppe Giuli, Giuseppe Meneghini, Paolo Savi, Sebastiano Richiardi, Pietro Savi, Evaristo Breccia, Paolo Savi.
L'archivio storico dell'Università di Pisa, dal 1472 alla prima metà del secolo XX, si trova da tempo conservato, per la gran parte, presso l'Archivio di Stato della città.
